字军国家的宗主权，其野心在在约翰在通告耶路撒冷王国国王福尔克他将去耶路撒冷武装朝圣时便可见一斑。

宗教事务

持续不断的战争几乎占据了约翰二世的大部分统治时间，而且他不像他的父亲一样热衷于参与神学研究和教义辩论，他看起来满足于把宗教事务交给宗主教(牧首)和教会阶层去处理。只有当宗教直接影响到了帝国政治，例如有关教宗或希腊拉丁教会联合的时候约翰才会参与其中。他还组织了许多希腊与拉丁教会间的神学辩论。

约翰和他的妻子共同参与了宗教与慈善事业，并以他们接手筹建的许多教会建筑而闻名，其中包括著名的君士坦丁堡潘托克拉托尔基督修道院(意译为全能者基督修道院，现为泽伊雷克清真寺，约翰二世的皇后在此兴建了基督全能者修道院(ChristPantokrator)，包括基督全能者教堂、图书馆和医院。皇后去世后，皇帝在第一座教堂之北又修建了仁慈堂(TheotokosEleousa)，对外开放。1136年增建圣米迦勒小堂连接两座教堂，作为科穆宁王朝和巴列奥略王朝的皇家陵墓，约翰二世夫妇、约翰五世等多位皇帝、皇后安葬于此)。这座修道院由三座教堂组成，它被形容为中期拜占庭帝国在君士坦丁堡最重要最富影响力的建筑之一。一座配有五所病房的医院隶属于这座修道院，并向所有社会阶层的公众开放。这座医院里有许多不是修道士的专业平信徒医生在这里工作。这座修道院还成为了科穆宁王朝的皇家墓地。

针对保罗派与博格米派异端追随者激烈的迫害是阿列克修斯一世统治晚期的特色。尽管对异端分子的压制措施仍然生效，但没有记录提及到约翰的统治时期有这样的迫害行动。在君士坦丁堡召开的一次宗教会议中调查了在许多修道院中流传的一位名叫stantineChrysomallos的已故僧侣的作品。基于这些作品中包含了博格米派信条与仪式的元素，他们被君士坦丁堡宗主教LeoStyppes于1140年5月下令焚毁。

皇室家族中的一位成员阿德里安·科穆宁(约翰的叔叔伊萨克·科穆宁的儿子)被他的堂兄约翰二世委以重任。阿德里安成为了一位僧侣并陪同约翰参加了1138年的战役。当保加利亚作为一个自治教区需要一位德高望重的人作为主教时。阿德里安不久就被任命为保加利亚大主教。

军事功绩

尽管约翰二世曾获得过许多次战斗的胜利，但他的军事战略却是依靠占领并控制各居住点的防御工事来构筑稳固的边界防御。约翰二世统治时期大约组织了25场围攻战。

与威尼斯的冲突

约翰二世继位后，他就拒绝承认其父于1082年与威尼斯共和国签订的条约，该条约慷慨地给予了意大利城邦在拜占庭帝国内独特的贸易特权。然而政策的转变并非是缘于经济方面考量。正当拜占庭尤其依赖于威尼斯的海军援助时，一个涉及威尼斯人辱骂帝国皇室成员的事件导致了冲突的爆发。拜占庭报复性地进攻了科孚岛之后，约翰又流放了在君士坦丁堡的威尼斯商人。但这却得到了更进一步的反击，一支由七十二艘船组成的威尼斯舰队洗劫了罗德岛、希俄斯岛、萨姆斯岛、莱斯博斯岛并占领了爱奥尼亚海的凯法利尼亚岛。最终约翰被迫妥协;战争对他来说已成赔本买卖，并且他也不打算挪用陆军军费去为海军建造新舰只。约翰重新承认了1082年的条约。虽然如此，这次窘境却没有被帝国完全遗忘，并且它激励着约翰二世的继任者曼努埃尔一世数年后去重新建立一支强大的拜占庭舰队。

佩切涅格人的毁灭

1119-1121年约翰击败塞尔柱突厥人后，他开始将安纳托利亚西南部掌握在自己的控制下。随后在1122年，约翰又迅速地将他的军队运送到欧洲去抵御已经跨过多瑙河边境入侵Paristrion地区的佩切涅格人。这些入侵者还得到了基辅大公的辅助。当切佩涅格人突入色雷斯时约翰包围了他们。为了骗取他们的信任约翰还提出愿意签订一份对他们有利的条约，随即他又组织了一场对切佩涅格人车阵的毁灭性突袭。Beroia战役战斗非常艰难，约翰的腿也被射中了一箭，但最终拜占庭军队赢得了一场惨重的胜利。由大量英格兰人组成的瓦兰吉卫队在这次战役中对突破切佩涅格人的车城起到了决定性的作用，他们使用他们著名的长斧为部队开辟了前进的道路。这场战役也有效地终结了切佩涅格人作为一个独立民族的存在;许多战俘被安置在边境上成为帝国的农兵。

与匈牙利和塞尔