帝王治下总体上仍有可称道之处。

《明史》赞曰：明自正统以来，国势浸弱。毅皇手除逆瑾，躬御边寇，奋然欲以武功自雄。然耽乐嬉游，暱近群小，至自署官号，冠履之分荡然矣。犹幸用人之柄躬自操持，而秉钧诸臣补苴匡救，是以朝纲紊乱，而不底于危亡。假使承孝宗之遗泽，制节谨度，有中主之操，则国泰而名完，岂至重后人之訾议哉！

朱厚燳在登基之后，在张皇后和首辅杨廷和的支持下立刻对大明进行全方位的改革，其中主要是规范立法，打击豪强，将所有人都置于律法的威慑之下，任用海瑞为律法院院长。另外朱厚燳还命人制定了《商律》，规定了商业行为中买卖双方的权利与义务，目的是想为国内的工商业提供一个相对公平的竞争环境。

海瑞(1514年1月22日-1587年11月13日)，字汝贤，号刚峰，海南琼山(今海口市)人。明朝著名清官。海瑞一生，经历了正德、嘉靖、隆庆、万历四朝。

明太祖朱元璋把宰相废除了之后，皇帝一天要处理的国家大事400件，每天需要阅读的文字可能是20万左右。并不是所有的皇帝都跟朱元璋一样是劳模，明太宗朱棣不得不使用一些学士来帮助他处理行政工作成立了内阁，一代一代演变到了正德皇帝时，内阁制度才正式有模有样：有官员名称、办公地点、下属人员，内阁的所有大学士级别就从原来的五品或六品提升到了二品，甚至一品，比所有的五府六部官员们级别都高，所以到了正德时期才最后形成了内阁制度。

前期推行了大刀阔斧的改革，清理勋戚王爷庄田、罢天下镇守中官、改革科举制度、革除外戚世封等，内容广泛，成效显著。所以获得很多赞美之声，河南道御史刘安说：“今明天子综核于上，百执事振于下，丛蠹之弊，十去其九，所少者元气耳。”

除此之外，朱厚燳还通过律法与报纸等舆论工具宣传，大力提高商人与工人的社会地位，同时放宽一些国内对各方的管制。

朱厚燳在西北有曾铣和张羽镇守，借辽东征战收复洪城寿、吴三贵等辽东将士，王鹏、杨光泽等也成为心腹之人，这样全国的军事力量都在朱厚燳掌控之中。鞑靼归附和清国的移居北美洲加拿大，天朝千百年来来自北方游牧民族的威胁从此不再了有了，明朝的九边也可以取消了。

所有改革从一开始都是十分困难的哪怕是由朱厚燳这位大明皇帝亲自推动也依然一样，那些靠着特权积累了大量财富的贵族豪强为代表的顽固派们。看到自己的利益被剥夺，自然发起了激烈的反抗。每天朝堂上都有一批大臣向朱厚燳上书施压，想要让他收回成命。

但是朱厚燳的决心显然超乎所有人的想像，他不但顶住了这种压力，甚至还趁机以结党营私的名义打掉了几个清流顽固派的中坚人物，甚至连一直不动声色的原弘治老臣李东阳、李梦阳、王宗彝也受到涉及。

王宗彝等本来考虑到朱厚燳性格上的缺陷（天性好玩），认为他会顶不住朝堂上的压力而退缩。但没想到朱厚燳的表现远超他的意料，这让王宗彝、焦芳最后的一个奢望也化为泡影，再加上以前李东阳的劝解，以及杨廷和在朝廷的影响，最后王宗彝、焦芳经过半年的权衡后，最终还是向朱厚燳提出辞官，而朱厚燳也立刻批准。

王宗彝、焦芳是顽固派的一面大旗，现在连这面大旗也倒了，使得清流顽固派是元气大伤。改革遇到的阻力也立刻大减，甚至不少顽固派看到风向不对，纷纷选择向朱厚燳投诚，以此换来自身的保全。

就在朱厚燳在大明国内推行改革的同时。去年陪同葡萄牙国王和法国国王到大明访问的朱厚炜、林梦雪、杨慎、朱秀荣四人在两国国王回国后，由于朱佑樘病重一至留在北京。参加过朱佑樘的葬礼后，选择了回到兰芳王国和马六甲总督府，主要精力都放在国内的发展，另外还有关注大明的改革，若是朱厚燳遇到什么解决不了的问题，他们也会出面帮着解决。