各个窗户都是完好无损的，也就是不存在凶手破门而入的情形。

经过调查，由于当地社区治安环境也不好，所以警方再三询问之下，已经明确得知，当晚圣诞夜后全家休息时，已经检查了所有的门窗都是锁着的，也不存在忘记锁着，或者开着的。

尤其是女儿琼贝妮特的窗户，父亲约翰在第二次返回确认过是锁着的。

这样一来，就基本排除陌生人作案的可能。

所以，警方开始调查约翰夫妇的社交圈子，看夫妇俩是否有什么仇人或者有犯罪前科的朋友，可是，一番调查下来发现，并没有什么进展。

因为当时的琼贝妮特已经是一名家喻户晓的选美小皇后，所以她遇害的消息经过媒体传播后，引起了全美无数人的关注。

人们纷纷写信和打电话给当地的警局，希望他们尽快破案，找出那名凶手。

此时的警局也感受到了压力山大，但案件的侦破又毫无进展，最后利弊权衡之下，他们开始甩锅，多次向媒体暗示，这个凶手可能就是约翰夫妇的朋友，而且也不能排除是约翰夫妇自己。

消息一传出，各种谣言和猜测开始出现在各个媒体，而此时警方的压力明显少了很多。

因为人们都去忙着猜测凶手会不会就是约翰夫妇了，哪有时间去指责警方。

到最后，警方在其他侦破方向毫无头绪的情况下，开始将案件侦破方向集中到了琼贝妮特的父母身上。

也就是说，警方开始怀疑父亲约翰和母亲佩西，是杀害琼贝妮特的真凶。

于是，警方开始盘问和调查夫妇俩，对于怀疑夫妇俩是杀害自己女儿真凶的原因，警方的理由大致如下：

1、现场门窗紧锁，且没有被破坏痕迹，说明凶手有家中大门的钥匙；

2、绑匪信中提到了11.8万美元的赎金，金额刚好与约翰圣诞前拿到的奖金金额一致；

3、绑匪所写的信，用的纸，恰恰是从约翰工作用的笔记本上撕下来的；

4、发现女儿不见后，约翰夫妇为何没有查看地下室，不符合常理。

鉴于上述几点理由，最后警方开始约翰夫妇是真正的凶手，出于某种目的杀害了自己的女儿。

听到这样的结果，夫妇俩精神崩溃，因为他们不仅要承受丧女之痛，还要承受被怀疑是杀害自己女儿的凶手的悲痛。

也因为警方的这几点怀疑，越来越多的丑国人，开始相信警方，他们也逐步认为就是约翰夫妇，杀害了自己的女儿琼贝妮特。

至于动机，也许只有他们自己知道。

琼贝妮特的粉丝前往她的墓碑前悼念她

为了证明自己的无罪，约翰夫妇全力配合警方调查，可以说是逢叫必到。

可警方经过多方调查，依然没有找到任何指明约翰夫妇是凶手的证据。

最后有一名警员提出做笔记鉴定，因为他认为绑匪写信的字迹，似乎和琼贝妮特母亲佩西的字迹十分相似。

于是，警方把佩西叫过去，让她在同样的纸张上面，照着抄一遍绑匪的信，然后警方进行对比，看是否是同一个人。

最后经过专业鉴定，证实写绑架信的人和佩西的笔迹不是同一个人。

尽管如此，警方也表示暂时无法完全排除约翰夫妇的嫌疑身份。

这个案件，一直成为了一个悬案，凶手一直逍遥法外，而且也没有任何一个嫌疑人被抓。

这样的结局，让丑国的民众接受不了，他们纷纷指责当地警方调查不力，甚至要求市长撤换警察局的局长。

直到2006年，一个在狱中服刑的罪犯卡尔声称自己就是绑架并杀害琼贝妮特的凶手，人们开始觉得这个案件终于要迎来结局，凶手伏法。

可是，最后结局是，虽然卡尔十分肯定地表示，当年自己就是为了赎金绑架琼贝妮特，为了让警方相信，他还详细描述了作案经过。

不过，简单调查之后发现，这个卡尔只是想蹭这个案件的流量，在媒体前曝光一把。

因为以下一个原因，警方最后判定这个卡尔根本不可能是杀害琼贝妮特的凶手。

1、卡尔向警方描述的有关案件的经过，和事后媒体猜测分析的一致，甚至拼凑起来的；

2、案发时，卡尔在距离琼贝妮特所在的地方有几千公里，不具备作案时间；

3、案发时，现场没有任何卡尔的DNA线索。

虽然约翰夫妇最后仅仅是受到警方调查，没有被拘捕，但是他们在过去的10多年中，一直承受着周围人的猜测。