燕王残杀建文旧臣之后，道衍偕世子高炽来南京。道衍听说燕王如此残忍地杀害方孝孺、铁铉、景清诸人，心里很难过。道衍知道夺权斗争是残酷的，死人难免，但他认为战后不该多杀人，更不该太残虐。燕王这样用酷刑，而且灭人九族、十族，实在不应该。道衍想：“燕王如此酷毒，这与殷纣王、安禄山何异？他这样蛇蝎心肠、豺虎性格，只用来对付反对他的少数人吗？！假若对天下苍生亦如此，我辅了这样的暴君为帝，岂不是罪孽？！但是，既然辅他做了皇帝，推翻就不容易了。况且推翻了他，代他做皇帝的又是怎样的人？”

为此，他思忖良久，也想不出好办法。最后，他想：“燕王若能实践他的政治主张，尚不失为一个好皇帝。对待反对势力不能手软，但不应太残忍。我应该规谏于他。他若听，我就留；他不听，我就学范蠡、张良，功成而退。”

道衍这样想着，即去见燕王。他委婉地讽喻燕王不该多杀逞威，更不该让天下人听着心寒。他道：“陛下初登皇位，应树立尧舜之风，争取人心所向。秦始皇未必不是有雄才大略的君主。他统一度量衡，统一货币，统一文字，修万里长城，这些事对百姓都有好处。但是就因为他太残暴，只讲刑杀，所以激起人们的反抗，终于怀玺未暖，二世而斩！”

燕王默然，点头道：“师傅说得对，朕是一时失去理智。但是我也有想法，恐怕不严加镇压允炆余孽，他们会东山再起……”

道衍道：“陛下，你想错了。建文无论是死是逃，他都难以死灰复燃了。陛下不知‘皮之不存，毛将焉附’的话吗？建文当朝，他有百万军队、百员战将，我们尚能打垮他，现在他不在位了，而且陛下实行惠民之政，天下归心，还怕什么？！”

燕王点头道：“寡人知过了！寡人正式登基后即大赦天下，包括允炆的旧臣和罪臣家属。”

道衍道：“陛下这样，将来才能成为一代圣君。臣愿做魏徵，陛下能做唐太宗容臣直谏否？”

燕王道：“朕也有一面镜子了。朕有过，师傅只管谏，朕可敕你丹书铁券。如有过，即骂朕，也不罪你！”

道衍谢过。

道衍帮助燕王把一切准备就绪后，燕王即正式登基，改建文四年为洪武三十五年（1402），以来年为永乐元年（1403）。

燕王大祀天地于南郊，颁即位诏，大赦天下。

从此，燕王称永乐皇帝，历史上称成祖。根据道衍推荐，成祖封侍讲解缙、编修黄淮为文渊阁大学士，命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜一同入阁参与机务。接着他又大封功臣，并对战斗中殉难的将士追封、抚恤。

周、齐、代、岷四王恢复原爵，各自归藩。谷王朱穗因开城门有功，被厚加赏赐，改封为长沙王。

对于宁王朱权，当年燕王曾袭夺宁地，并答应“事成后平分天下”。可是，燕王登位后却绝口不提，只把他留在京师。宁王不愿在京中，乃上书乞封苏州，成祖不许。宁王复乞封钱塘，成祖又不许。宁王屡不得请，竟屏去从兵，只与宫中数人前往南昌，因卧病不起，久不还京。

道衍道：“宁王在南昌不归，分明有不满之意，但平心而论，是陛下负宁王。以臣之见，不如把南昌封他，改宁王为南昌王。”

成祖道：“也好吧！”于是改宁王为南昌王。从此，朱权在南昌韬晦，构筑精庐，读书鼓琴，不问外事。

成祖立徐氏为皇后。她是徐达长女，性文静，好读书。靖难兵起时，道衍辅世子高炽据守北平。道衍不在时，一切部署多由徐氏悉心规划。她被立为皇后，便上言道：“南北战争，兵民疲敝，此后宜大加体恤。所有贤才，皆高皇帝所遗，可用即用，不问新旧。”成祖听了，觉得与道衍之谏相同，因而深为嘉纳。成祖三子，皆徐氏所生。后位既定，应立太子。高煦从战有功，不免自负，意图得太子位，便暗中运动淇国公邱福与驸马王宁。二人密见成祖，请立高煦为太子。成祖也以为高煦性格类己，有意立他为储君，独兵部尚书金忠力争不可。

金忠是道衍推荐的，在军中参谋军务，功绩卓著，因此被封为兵部尚书。他援引古今废长立幼诸祸端，侃侃直陈，毫不隐讳。

成祖也很信任金忠。金忠反对立高煦为太子，不免令他左右为难。

此时，北平已改成顺天府。高炽随道衍进京问候父皇完毕，立即回了顺天府。成祖三子中，只有高煦随侍成祖。他与京城党羽大肆活动，常与解缙提及此事，解缙答应为他美言。

道衍以为