龟兹进攻疏勒，他吓得不敢再向前行。

为了掩饰自己的怯懦，他上书给朝廷，说平定西域劳而无功，又说班超拥抱爱妻，怀抱幼子，在国外享受安乐，没有心思考虑国内的事情。

班超听闻后叹息不已，说：“我比不上曾参却有三至之谗，恐怕现在会有人怀疑我了。“

于是，毅然让妻子离开了自己。

章帝深知班超公忠体国，于是下诏严厉的责备李邑说：“即使班超拥抱爱妻，怀抱幼子，那么思念家乡的士卒一千多人，怎么能够都跟班超同心同德呢?“

还命李邑接受班超的调度，让班超根据情况决定是否让李邑留在西域。

班超当即让李邑带着乌孙侍子回京。

徐干劝班超：“李邑之前毁谤你，企图让你平定西域的功业失败，现在为什么不遵循陛下的旨意把他留下来，另派人护送侍子呢?“

班超说：“你怎么这样没见识呢?正因为李邑毁谤我，所以我现在才派遣他回国。

我处心无愧，还怕别人讲什么呢?

为了泄私愤而图快意把他留下来，这就不算忠臣。“

建初九年，朝廷又派和恭为代理司马，率兵八百增援班超。

班超准备调集疏勒、于阗的兵马进攻莎车。

莎车王派人跟疏勒王忠私下联系，用重礼贿赂他，忠于是背叛班超，发动叛乱，占据乌即城。

班超改立府丞成大为疏勒王，调集兵力进攻忠，康居国派精兵帮助忠，班超久攻不下。

当时，月氏刚和康居通婚，班超派人给月氏王送了厚礼，让他对康居王晓以利害，康居王罢兵，把忠也带了回去，乌即城被再次收复。

元和三年，忠从康居王那里借了一些兵马，据守在损中，与龟兹勾结密谋，派人向班超诈降，班超看穿了他的诡计，于是将计就计，答应他投降。

忠大喜，轻装简从来见班超。

班超为他举办酒宴，在宴席中，班超命人斩杀忠，又乘机击败他的部众。

西域南道从此畅通无阻。

元和四年，班超调发于阗等国士兵二万多人，再攻莎车。

龟兹王发遣左将军发温宿、姑墨、尉头合兵五万救援莎车。

敌强我弱，班超决定运用调虎离山之计。

他召集将校和于阗国王，商议军情。

他故意装出胆怯的样子说：“现在兵少不能克敌，最好的计策是各自散去。

于阗从这里往东走，长史也从此西归。等听到夜里的鼓声便可出发。“

班超偷偷嘱托人故意放松对龟兹俘虏的看管，让他们逃回去报信。

龟兹王闻讯后大喜，自己率一万骑兵在西边截杀班超，派温宿王率领八千人在东边阻击于阗。

班超侦知他们已经出兵，迅速命令诸部齐发，在鸡鸣时分，直扑莎车大本营。

营中没有防备，军士奔逃，班超追斩五千多人，获得许多的马畜财物。

莎车国只好投降，龟兹王等也散去，班超因此威震西域。

当初，大月氏曾经帮助汉朝进攻车师有功。

就在班超击破莎车的同年，月氏王派遣使者来到班超的驻地，向汉朝进贡珍宝、狮子等，提出要娶汉朝公主为妻。

班超拒绝了这个要求，月氏王因而怀恨在心。

永元二年夏，大月氏的副王谢率兵七万，东越葱岭攻打班超。

班超的军队处于劣势，大家都很恐慌。

班超却说：“月氏兵虽然多，但他们跋涉数千里，翻越葱岭来入侵，运输极为不便，有什么可忧虑的呢?

只应收好粮食，坚守不出，敌人便会因饥饿而投降。

不过几十天便会击败敌人的。“

大月氏副王谢进攻班超，无法攻克，抢掠粮草，又无所得，果然疲惫不堪。

班超估计他们粮草将尽，一定会派人到龟兹求救，预先命几百士兵在东边埋伏，谢果然派兵带金银珠宝去龟兹求援。

班超的伏兵把使者杀死，并派人拿给谢看。

谢大为惊恐，进退无据，只好遣使向班超请罪，希望能放他们一条生路，班超放他们回国，大月氏因而大为震惊，与汉朝和好如初。

永元三年，龟兹、姑墨、温宿等国都投降。

朝廷任命班超为西域都护，徐干为长史，拜白霸为龟兹王，派司马姚光来护送他。

班超和姚光命龟兹废掉原来的国王尤里多