永元九年三月，西域长史王林击破车师后王并杀之。

同年八月，羌人侵犯陇西杀长史，刘肇派遣征西将军刘尚、越骑校尉赵世等平定羌乱。

永元十二年四月，日南郡象林县蛮夷二千余人寇掠百姓，燔烧官寺，郡县发兵讨击，斩其渠帅，余众乃降。

刘肇于永元十四年五月设置象林将兵长史，以防其患。

永元十三年八月，护羌校尉周鲔讨伐烧当羌，大破之。

十一月，鲜卑侵犯北平进入渔阳为渔阳太守击破。十二月，巫蛮叛乱，侵犯南郡，

永元十四年四月，刘肇派遣使者都督荆州兵迫降巫蛮。

永元时期武功赫赫，开疆拓土，四夷宾服。

汉章帝时，居巢侯刘般逝世，按规定应由长子刘恺袭爵，但为满足父亲的遗愿，他坚持让弟弟刘宪袭封，自己则逃往外地。

执政官上奏请示收回刘恺封国，章帝嘉其义，特许等待他。

而刘恺始终没有回来，十多年后，执政官又提起此事。

对此，侍中贾逵上书说:“孔子曾说'能以礼让，治理国家有什么难的呢?'

有司没有推究刘恺此举的乐善之心，而是以平常之法加以处理，这样做恐怕不能助长礼让的风气，成就宽弘的教化啊!

刘肇“深以为然，下诏说:“王法崇善，成人之美。“

于是不仅同意刘宪袭爵，而且征刘恺为郎。

刘肇十分体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。

而他也常常以此自责，如永元八年京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说:“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。“

忧民之心，殷殷可见。广东岭南地区出产龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送“，经风历险，劳民伤财。

唐羌上书，请求停止，刘肇批示:“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本?其敕太官勿复受献!“

爱民之意，发自肺腑。

永元六年，永昌郡徼外敦忍乙王莫延遣使朝贡，献犀牛、大象。永元九年，永昌郡徼外蛮及掸国王雍由调遣使奉上该国珍宝，和帝赐金印紫绶，小君长皆加印绶、钱帛。

建初七年六月十八日，汉章帝废皇太子刘庆为清河王，改立刘肇为皇太子。

章和二年二月三十日，汉章帝去世，皇太子刘肇继位，即为汉和帝，尊嫡母窦皇后为皇太后，因刘肇年幼，由窦太后临朝称制。

窦太后把哥哥窦宪由虎贲中郎将提升为侍中，掌管朝廷机密，负责发布诰命；

让弟弟窦笃任虎贲中郎将，统领皇帝的侍卫；

弟弟窦景、窦环均任中常侍，负责传达诏令和统理文书。

这样，窦氏兄弟便都在皇帝周围的显要地位，从而掌握了国家政治的中枢。

窦太后将政权统于自己一人之手，独断专横，强予决策。

对于伐北匈奴，尚书、侍御史、骑都尉、议郎等等都极力上谏，鲁恭甚至指责窦太后“奈何以一人之计，弃万人之命”，群臣也没有挡住太后为袒护窦宪而出兵。

汉军在经过稽落山之战、伊吾之战、河云北之战、金微山之战四次战役后，重创北匈奴。

“北单于震慑，屏气蒙毡，遁走于乌孙之地，而漠北空矣。”

北匈奴单于不知所踪，其弟右谷蠡王於除鞬自立为北匈奴单于，在蒲类海“款塞乞降”。

蒲类海，毗邻东汉的伊吾。窦宪利用这一时机“遂复更立北虏，反其故庭，并恩两护”，群臣对于漠北匈奴是否应该如南单于故事，继续设立匈奴中郎将都护北单于；

还是让南单于吞并北单于，持有不同意见。

但由于窦宪奏请设立，窦太后不顾大多数人反对，同意奏请。

以耿夔、任尚二人为匈奴中郎将，助於除鞬单于返回漠北匈奴故地，东汉都护南匈奴、西域的同时兼任都护北匈奴。

窦太后还把大批窦氏家族子弟和亲朋故友，任为朝官或地方官，从而上下勾结，专权放纵，报复打击，为所欲为。

其弟弟窦景放纵奴仆胡作非为，甚至白天公然拦路抢劫，侮辱妇女，而“有司莫敢举奏”。

窦氏为维护专权，安插了大量党羽，因此朝廷上下多有附臣与亲信。

当初，刘肇在长安召见窦宪，朝臣甚至议论