卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。

正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。

灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。

京师唯有下诏再重新调整:皇甫嵩北上东郡;朱隽则攻南阳的赵弘;

而以董卓代替卢植。

而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人“五斗米师“张修攻打郡县，但未受到汉室重视。

朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才不行。

但朱儁仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。

朱儁又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。

朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。

黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。

张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱儁登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。

朱儁便解开围军，韩忠果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。

这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。

朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。公元185年春天，班师回京。

另一方面，皇甫嵩于8月到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。

而董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。

不过，张角已经病死，在10月于广宗便和张梁战斗，张梁军犟，于首战不能攻克。

在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。

而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。

11月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。

黄巾之乱平息。

起义虽被东汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。

于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人。

而由张燕率领的黑山贼，甚至号称从者百万。

中平五年，黄巾余部再度发动起义。

二月，郭泰等于西河白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。

四月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。

十月，青州、徐州黄巾贼又起，攻略郡县。

十一月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。

黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾起义般盛，但却令汉室十分头痛。