一如意算盘，立刻遭到美国海军部和戴笠的反对。杜诺万便请陆军出面，向梅乐斯提出要派遣一批教官来华，协助中美合作所训练军统所控制特务武装，还企图在西北另行建立据点，并提出派马纳斯与约翰·海登博士等来华的要求。梅乐斯立即告诉戴笠，认为杜诺万派人来不先征求中美合作所同意，坚决不能接受，结果陆军方面准备好的一些教官，只好半途回去。杜诺万并不因此罢休，在1944年中美合作所签订第二次补充合同时，他便作为美方主持人，企图以战略业务局取代海军情报署来控制中美合作所，并推荐战略业务局的柯林校为中美合作所美方第二副主任。这一要求也被梅乐斯和戴笠所拒绝。

魏德迈继史迪威尔出任中印缅区美军司令后，对中美合作所与军统不但歧视而且成见很深。他极力主张将中美合作所置于战略局指挥之下，应使中国人退居被支配地位，对中美合作所主任由中国人担任早就感到不满。美国一些“白人至上”主义者更从中推波助澜，而梅乐斯则坚持战略局来华工作人员应受中美合作所节制。魏德迈便进一步要求中美合作所必须受他指挥，否则他就辞职。官司打到华盛顿，代表陆军的马歇尔首先赞成魏德迈的主张，空军亦随声附和，海军虽力争，却仍无结果。美国联合参谋本部发布命令，要求在中美合作所工作的美军人员自梅乐斯以下均直接受魏德迈指挥。