路皆平；徐辉祖、梅殷等均不再抵抗；齐泰、黄子澄等皆获。文武百官又称贺劝进。燕王觉得火候到了，便召集诸王公大臣道：“自孤王进京，诸王及群臣合词劝进。怎奈固辞不获，只得勉循众志。希诸王、大臣与我协力同心共济社稷，以福万民。”

诸王及百官唯唯听命，并扶燕王即皇帝位。

燕王即位，下令清宫三日。他心中怨恨允炆，将诸宫人、女官多半杀死。

燕王召见曾得罪允炆的宫人及太监，询问允炆尸体在哪里？因烧死多人，肢体残缺，面目全非，宫人、太监谁也不能证明哪个是建文帝。有个宫人指着马皇后宫中的一具尸体道：“奴婢似见焚宫前，建文曾在这里，这具残骸一定是他。”

燕王命人从灰烬中把残骸拨出。那尸体满身焦烂，四肢残缺，辨不出是男是女，只觉得惨不忍睹。燕王也装作凄然道：“痴儿，痴儿！为什么这样呢？”

此时，翰林侍读王景在侧，燕王问他建文帝如何埋葬，王景道：“皇上在位而亡，当以天子礼葬之，才合制。”

燕王不愿，但想起道衍的话，便点头允诺。

于是，以天子礼葬了这具残骸。埋葬毕，忽有一人满身缟素，在皇宫前伏地大哭建文帝，声震宫阙。

燕王在宫中听见，大怒，即令武士擒进。燕王一看，认得是方孝孺，不由态度转和道：“方孝孺，你好大胆量，朕正要拿你，你却自己前来送死。”

只因道衍临别时，曾嘱咐燕王定鼎之后不要嗜杀，否则恐伤人和。他特别嘱咐道：“方孝孺乃华夏人望，品格方正，如有抗忤，亦不要降罪。”因此，燕王本来盛怒，欲对敢哭允炆之人不问即诛。可他见是方孝孺，就只轻描淡写地说了几句威胁话，迫其转变。

可是，方孝孺却昂首大声道：“纲常大乱，斯文扫地。活着还有什么意思？！”

燕王道：“你愿死，可是朕偏要让你活着！”燕王知道方孝孺一时不能转变，便吩咐武士先押方孝孺入狱。

第二日，燕王命方孝孺门徒廖镛、廖铭入狱劝方孝孺归顺。

方孝孺怒斥道：“你们跟我数年，难道尚不知大义吗？！”

廖镛等被骂回，燕王仍不生气。

不几日，燕王欲写即位诏书颁布天下，廷臣一致举荐方孝孺。燕王召方孝孺。

方孝孺仍身穿缟素到大殿，大哭建文帝不已。

可是，燕王不怪，走下龙椅劝慰道：“允炆已死，先生不要自寻苦痛。朕也很哀痛。朕进京来，原来只是欲效周公辅成王。”

方孝孺诘责道：“成王安在？！”

燕王道：“他自焚死了。”

方孝孺道：“何不立‘成王’子？！”

燕王道：“国家安定，须靠能治国的成年人，立个孩子，对国家不利。”

方孝孺道：“何不立‘成王’弟？”

燕王语塞，红了脸，许久才道：“立谁为君，此朕家事，先生不必管。”

方孝孺还要诘责，燕王示意内侍把纸笔递给方孝孺，婉言道：“先生一代儒宗，今日朕即位颁诏，烦先生起草，幸勿再辞！”

方孝孺掷笔于地，且哭且骂道：“要杀便杀，诏不可草！”

方孝孺当着文武百官如此顶忤燕王，燕王脸面无存，不由怒道：“顽固儒生，即使你不怕死，也不顾九族吗？！”

方孝孺厉声道：“你便灭我十族，我诏也不能草！”说至此，俯身拾笔在纸上大书“燕贼篡位”四字，掷于燕王道：“这便是你的即位草诏！”

燕王见了，气得脸色立变，扶案而起，怒视着方孝孺道：“你敢呼朕为贼吗？好……”立刻对近侍道，“用刀撬开他的口！”

近侍领命，用刀撬开方孝孺之口，刀创到耳，缟素之衣被血染红。燕王仍恨恨道：“先把他收监，让他亲见十族惨死！”此时，燕王已失去理智，全忘了道衍的话。他下诏逮捕方孝孺十族（九族加朋友、门生），计八百七十三人，一律杀死。杀了这些人后，燕王又命将方孝孺牵出至聚宝门外，处以极刑。

燕王杀了方孝孺十族，气犹未泄，适齐泰、黄子澄先后被解来。燕王让带到殿上，亲自审讯。二人俱言削藩是为国家和宗社着想，抗辩不屈。燕王大怒，同时处以磔刑。

兵部尚书铁铉，也被捕入京，带至殿上。他毅然背向燕王而立，燕王强令他扭头一顾，铁铉终不扭头。

燕王恨恨道：“你倔强，看我有法治你。”于是，命近侍将他耳鼻割下，叫人炒熟端来