今便之”，严以育才，桃李天下。

半年后，又升为礼部右侍郎兼翰林院侍读学士。万历五年（1577年）八月，再升为礼部左侍郎，充经筵讲官。同年，以副总裁职参与重修《明会典》，考证古今，损益时宜，颇得史官们称道。

当时，张居正为首辅，依附者如蛾赴烛，林士章却从无私谒，也不奉承说好话。同年，张居正之父去世，按礼章，张居正应去职回乡服丧，守孝三年，谓之“丁忧”。但朝中一干媚臣为讨好首辅，联名上疏请皇上留张居正“夺情”视事，独有林士章不署名，因而得罪了张居正。

万历九年（1581），林士章升迁南京礼部尚书。明朝中后期立有北京、南京“两京”，明眼人皆知，皇帝将朝廷设在北京，从北京礼部侍郎（礼部副职）到南京礼部尚书（礼部正职），实乃明升暗降，驱逐出权力中枢而已。

此后，朝中仍有人谗言上疏弹劾，林士章不屑与之纠缠，迁任三个月即上疏请辞，获准后致仕还乡，时年57岁。

（三）创下漳浦职官史多项第一

林士章是漳浦县史上唯一入列三鼎甲（状元、榜眼、探花）之人。漳州府史上曾有5人鼎甲三及第，都是在明朝，林士章列第4个。在他之前有长泰人状元林震、南靖人榜眼李贞、龙溪人探花谢琏，在他之后有龙溪人探花林钎。

林士章是漳浦第一位入翰林院的人。明朝，漳州入翰林院有4人，在他之后有林偕春（今云霄县莆美镇人）、江灏（今龙海区港尾人）、黄道周（今东山县铜陵镇人）。林士章入翰林院与廷试探花有关，照例状元授修撰，榜眼、探花授编修。他不仅应试的八股文写得好，文学才华也十分出众。

林士章是漳浦第一位官至尚书的人。明朝，在他之后，有朱天球任南京工部尚书，蔡思充任工部尚书（今云霄县人）。此外，林宰、黄道周、何楷都是任南明流亡王朝的尚书。清朝，仅有蔡新任过尚书。林士章还是漳州府“五星聚奎”的第一星。明万历二十六年（1598年）前后，漳州府有5位尚书、侍郎同时在朝，他们是漳浦人南京礼部尚书林士章、漳浦人南京工部尚书朱天球、长泰人兵部尚书戴燿、漳浦人户部侍郎卢维祯、龙岩人兵部和户部侍郎石应岳。因之，漳州府建“五星聚奎坊”以显荣耀。

林士章是漳浦在明朝唯一任过国子监祭酒的人（国子监，当朝的最高学府；祭酒，是国子监最高行政长官）。他多年从事教育工作，在国子监任司业、祭酒期间，制订严密的考课制度，加强学生管理，提高教学质量，培养了大批人才。他关心家乡文化教育事业，为漳浦县儒学、镇海卫儒学、平和县儒学撰写碑记，为重教兴学的知县、教授立传，勉励学生勤奋上进，促进了漳州文化教育的兴盛。

林士章是明朝漳浦唯一获得皇帝赐予御书的人。封建时代，祭拜天地、祭拜祖宗是头等大事，礼部正是制订、主持这些祭祀仪式的。他在礼部工作期间，辛勤敬业，精心探研，对各种礼仪十分熟悉，对部内各司的工作了如指掌，深受万历皇帝的赞赏。万历皇帝朱翊钧曾赐予御书“忠爱”匾额，褒彰他忠君爱国精神。世称林士章为“忠爱公”。

林士章是漳浦独家建城堡为府第的第一人。林士章曾将家宅建于漳浦县城南城隍庙旁，当初被称为“探花府”。后来他官至尚书，改称“尚书府”。林士章乞休退职后，并没有回到漳浦县城居住。于慎行《林士章墓志铭》中记道，“公故居邑城，厌其喧嚣，乃卜郡郊东北之长桥，风气淑美，相而乐之。因筑小坞其间，为池梁台榭，可以游观潮汐，往来林木映带，居然一名胜矣”。万历九年（1581），林士章在漳浦城北兴建长桥土城，至万历二十一年（1593）告竣，前后陆续建造了13年时间。长桥土城东西长250米，南北宽200米，占地5万平方米。内建房屋数百间，巷道全用石条铺砌，俨若街道。今除北边城墙拆除外，其余尚保持完好。

林士章回乡后择居长桥，20年后去世，享年77岁。