为了弥补前过，他下诏对韩家追赐金钱、粮食，又令有司以大司徒之礼安葬，并对其家属予以安慰抚恤。

建武元年正月，邓禹率军越太行山，出箕关进取河东。

河东都尉闭关拒守，经战十日，大破守军，夺获大批军资粮秣。

继而又率军围安邑，但数月未能攻下。

更始大将军樊参率数万人，渡大阳欲攻邓禹，邓禹派诸将在解南迎战，大破敌军，斩樊参。

于是王匡﹑成丹﹑刘均等合军十余万，共击邓禹。

初战，邓禹失利，樊崇战死。

天黑后双方停战，军师韩歆和诸将见气势已挫，都主张乘夜退走，邓禹不从，认为王匡之军虽多，但势不强。

第二天利用王匡停止进攻之机，重新组织队伍，调整部署。

第三天清晨，王匡尽出其军攻打邓禹，邓禹令军中不得妄动，严阵以待，坚守不出。

待王匡军至营前，猝然击鼓，全师猛扑，大破王匡军。

王匡军至等皆弃军而逃，邓禹率轻骑急追，俘刘均及河东太守杨宝﹑持节中郎将弭强，将其斩杀，收得节六，印绶五百，兵器不可胜数，遂定河东。

同月，刘秀已在鄗邑即帝位，派使者持节拜邓禹为大司徒。

并说：“诏令前将军邓禹：深执忠孝，与我运筹帷幄之中，决胜千里之外。

孔子说过：'自从我有了颜回，弟子们日益亲密。'

斩将破军，平定山西，功勋尤著。如果百姓不亲，缺少五常的训导，你作为司徒，应对百姓施行五常的教化，五常的教化在于宽厚。

今派遣奉车都尉授你印绶，封为酂侯，食邑万户。“

邓禹这时只有二十四岁。

河东既定，邓禹又率得胜之师于汾阴渡河，入夏阳。

更始中郎将左辅都尉公乘歙，带其部众十万，与左冯翊兵共同拒邓禹于衙县，邓禹再次将其攻破赶走，而赤眉军就进入长安。

这时三辅的军队接连覆败，赤眉军所过之处残暴掠夺，百姓不知所归。

听说邓禹每每乘胜独克而部队纪律严明，于是都望风携老扶幼迎接邓禹军队，归从的日以千数，人众号称百万。

邓禹每到之处，常停车住节，慰劳问好，父老童稚，白发垂髻，挤满在他车下，莫不感激欢乐，于是邓禹名震关西。

刘秀非常高兴，几次写信赞扬他。

邓禹部众皆劝入关，直接进攻长安。

但邓禹却取持重态度，不欲速进，便对众将说“：不然，现在我部众虽多，但能打仗的却少，前面没有可依赖的积蓄，后面也没有可供转运的资财。

赤眉军刚刚攻取长安，财富充实，士气锐不可挡。

然而盗贼群居，无整天的打算，财谷虽多，变故万端，哪能坚守下去呢？

上郡、北地、安定三郡，地广人稀，谷米牲畜多，我们暂时整军北道，就粮养士，以观察赤眉军的弱点，才可以设法进攻他们哩!“

于是引军北至縌邑县。

邓禹所到之处，击破赤眉军别将诸营保，郡县都开门归附。

西河太守宗育遣儿子手奉邓禹晓谕各地的文书归降，邓禹派遣他到国都去。

刘秀因关中未定，而邓禹又久不进兵，遂下诏催促邓禹进兵长安。

长安的官吏民众，惶惶无所依归。应掌握时机进讨，安定抚慰西京，以维系百姓的心。

邓禹仍坚持前意，派军攻取上郡诸县，留将军冯愔、宗歆守枸邑。

自统主力平定北地。

但冯愔、宗歆二人争权相攻，冯愔遂杀宗歆，因而反击邓禹。

邓禹遣使问计于刘秀，刘秀问使者冯愔最要好的人是谁，使者说是护军黄防。

刘秀猜冯愔、黄防不能久和，回报邓禹说：“逮捕冯愔的人，一定是黄防。“

于是派遣尚书宗广拿着符节招降黄防。

一个月后，黄防果然抓住冯愔。

率领其部众归罪。更始诸将王匡、胡殷等都到宗广处投降，与宗广一起东归。

到了安邑，王匡等想中途逃跑，宗广把他们都杀了。

冯愔到洛阳，赦免不杀。

建武二年春，刘秀遣使者改封邓禹为梁侯，食邑四县。

这时赤眉军西走扶风，邓禹才往南至长安，驻军昆明池，用酒食大宴士卒。

率领诸将军沐浴更衣斋戒，选择吉日，演习礼仪祭祀高祖