光和元年，灵帝设置鸿都门学，在其中画有孔子及其七十二弟子像。

下诏州郡三公推举征召诸生。有的出任刺史、太守，有的入朝任尚书、侍中，有的竟封侯赐爵，士人们都认为与他们在一起是可耻的。

当时，妖异的现象常有发生，人人惊恐。

七月，灵帝下诏召蔡邕与光禄大夫杨赐、谏议大夫马日磾、议郎张华、太史令单飏至金商门，入崇德殿，让中常侍曹节、王甫问他们关于灾异及消除变故所应当采取的办法，蔡邕用心答复。

灵帝又特诏询问蔡邕:“近来灾异变故的发生，不知是什么罪咎引起的。

朝廷焦急，朕心里也害怕。

访问群公卿士，想听到一些忠言，他们都守口如瓶，不肯尽心。

因为你经学功底深厚，所以朕特地问你，你应该阐明得失，指出为政的要点，不要唯唯否否，或者怀疑恐惧。

全按经述对答，为了保密，要用皂囊封上。

蔡邕于是上奏认为妇人、宦官干预政事，是怪异发生的原因之一，并弹劾太尉张颢、光禄勋玮璋、长水校尉赵玹、屯骑校尉盖升等人贪赃枉法，又举荐廷尉郭禧、光禄大夫桥玄、前任太尉刘宠，认为可以向他们咨议朝政。

灵帝在看了奏章后很是叹息，在起身如厕时，奏章被曹节在后偷看，就向左右的人泄露了全部内容，致使事情泄漏。

蔡邕奏章上认为应该废黜的人，都非常恨他，企图打击报复。

之前，蔡邕与司徒刘郃不和，蔡邕的叔父卫尉蔡质，又与将作大匠阳球关系不好，阳球是中常侍程璜的女婿。

程璜让人写匿名诬告蔡邕、蔡质几次因私事请托于刘郃，刘郃没有答应，蔡邕于是怀恨在心。

决心要陷害蔡邕，灵帝因此下诏给尚书，召蔡邕质问。

蔡邕上疏为自己辩白，但他与蔡质还是被送入洛阳狱，有关部门认为应该将二人弃市。

中常侍吕强怜悯蔡邕无辜，于是替他向灵帝求情，灵帝也想起了蔡邕之前奏章的话，于是下诏将他免死，与家属被流放至朔方郡，不得因赦令而免罪。

阳球打发刺客刺杀蔡邕，刺客被蔡邕的正义感动，不为阳球所用。

阳球又贿赂有关官员毒害蔡邕，受赂的人反而把消息告诉了蔡邕，要他提高警惕。

蔡邕因此平安无事，居住在五原安阳县。

蔡邕之前在东观时，与卢植、韩说等修撰《东观汉记》，正遭流放，所以没有来得及写成。

灵帝爱怜蔡邕的才高，正好在第二年大赦，于是赦免蔡邕，准许他返回原籍，蔡邕自从放逐到被赦免，历时九个月。

蔡邕正准备启程回郡的时候，五原太守王智为他送行。

酒喝足后，王智起舞劝蔡邕，蔡邕不理他。

王智是中常侍王甫的弟弟，本来很骄贵，丢了面子为宾客所嘲笑，就破口骂蔡邕说:“罪犯也敢轻侮我!“

蔡邕振衣而去。王智非常恨他，于是密告蔡邕心放怀怨，诽谤朝廷。灵帝宠幸的人也都诬陷他，蔡邕害怕无法幸免，于是逃命江海，远走吴会之地，往来依靠泰山羊氏，在吴地共待了十二年。

中平六年，灵帝去世，董卓任司空，专擅朝政，听说蔡邕的名气，于是征召他，蔡邕推说有病不能去。

董卓大怒，骂道:“我有灭人三族的权力，蔡邕就算骄傲，也是不过转足之间的事而已。“

又急令州郡征召蔡邕到府。

蔡邕不得已只好应命，被任命为代理祭酒，很受董卓敬重。

又被举为高第，历任侍御史、治书侍御史、尚书，三天之内，遍历三台。

又升任巴郡太守，被留任侍中。

初平元年，蔡邕被拜为左中郎将，随汉献帝迁都长安，被封为高阳乡侯。

董卓的宾客部属想让朝廷尊崇董卓与太公相比，称尚父。

董卓询问蔡邕的意见，蔡邕说:“太公辅周，奉命灭商，所以特号为太公。现在您的威德虽高，但相比尚父，我以为还不行。等到关东平定，陛下返还旧京，然后再讨论此事。“

董卓听了他的话。

初平二年六月，发生地震，董卓为此询问蔡邕。

蔡邕对他说:地动，是阴盛侵阳，臣下不遵守国家制度引起的。

前春天郊祀，公奉车驾，乘金华青盖，爪画两箱，远近都认为不合适。

董卓于是改乘皂盖车。

董卓看重蔡