此地步，你也还是早些归降为好啊。”但尧君素却态度坚决，说：“你身为国家大臣，主上委任你守卫关中的重任，将江山社稷都托付给了你，你又为什么投降呢？现在还到这里替人家作了说客！你胯下骑着的马，就是陛下赏赐的，你还有什么脸再骑着这匹马呢！”屈突通叹息道：“唉！君素，我是力尽图穷才来的啊！”但尧君素不听，说：“我的力量还没有用尽，你又何必多说！”屈突通无奈，只好叹息的离开。

李渊在长安称帝建立唐朝后，李唐当时的势力超过了任何一个割据集团，但由于政权初立，其他地方势力并不听命于唐廷。薛举突然病亡后，他的儿子薛仁杲（gǎo）继位，李渊命李世民率军进攻薛仁杲，屈突通作为李世民的行军元帅长史，也随军出战。当年年底，李世民于在浅水原大败薛仁杲，斩杀数千人，并乘胜追击，薛仁杲被迫降唐。薛氏父子收集的珍宝堆积如山，唐朝将领们都争相夺取，只有屈突通秋毫不犯，唐高祖李渊知道这件事后，对屈突通很是赞赏。

李世民击败刘武周后，刘武周麾下大将尉迟敬德前来归降，尉迟敬德作战勇猛，多次战败唐军，李世民对尉迟敬德的归降也是非常高兴，但屈突通怕尉迟敬德会复判，出于对李世民的人身安全的考虑，屈突通曾多次提醒李世民，后来刘武周的部将大多又叛唐而去，唐军诸将怀疑尉迟敬德也会叛离，便将他囚禁在军中，屈突通与尚书殷开山又向李世民进言道：“尉迟敬德刚刚投降，思想感情上还没有归顺，这人勇猛剽悍，关押的时间又长，经历了被我们猜疑，必然产生怨恨，留着他只怕会留下后患，请立即杀了他。”虽说李世民最总没有听从屈突通的建议，但对他的忠心还是非常感动的。

唐军在河东作战期间，东边的局势不断发生变化。洛阳王世充在武德二年（619年）称帝，定国号为“郑”，他利用唐军西征无暇东顾之机，夺取了唐朝在河南地区的部分州县，河北的窦建德实力也持续增强，多次击败在河北的唐军。于是，唐高祖李渊决定进兵中原，采用“先郑后夏（窦建德已称夏王），各个击破”的方略，命李世民率领八总管二十五将，统兵八万东击王世充，屈突通隋李世民讨王世充，当时屈突通的两个儿子们都在洛阳，李渊想探试他的心意，便通过文书询问他说：“东征的事情，如今想委托给你，但是你的两个儿子怎么办呢？”屈突通回答说：“此行臣愿意当先锋，臣的两个儿子如果因此而死，那是他们的宿命，臣不会以私情妨碍公义。”李渊感叹道：“为保全自己的节操而死的烈士，今天我算是见到了。”

李世民率军攻占了东都洛阳外围的重地慈涧（在今河南洛阳市西）后，王世充退保洛阳，李世民决定先扫清洛阳的外围势力，然后攻城，武德四年（621年），屈突通与赞皇公窦轨带兵巡营，与王世充的军队遭遇，交战后失利，李世民立即率玄甲队驰赴救援，大败王世充，斩俘敌军并将六千多人，王世充逃回洛阳。很快，王世充就率军两万出洛阳方诸门，凭借旧马坊墙垣沟堑，依托谷水与唐军对质，李世民登上北魏宣武帝陵观察敌情，见王世充悉众而出，李世民抓住战机，命令屈突通率步卒五千人渡过谷水进击，交兵后，屈突通令部下放烟，李世民见浓烟四起，亲自率领骑兵南下，与屈突通合兵一处，奋勇杀敌，王世充率部殊死抵抗，军队阵型多次被唐军冲散，但又迅速聚合，双方激战半日，王世充被迫无奈退兵，李世民纵兵追击，斩杀、俘虏七千多人，趁势包围洛阳，王世充只得据城自守。

正在唐军将要围攻洛阳时，王世充派出使者向窦建德求救。窦建德率十余万大军前来援助洛阳，在板渚（今河南荥阳高村西北牛口峪附近黄河南岸）筑城，与王世充相呼应，二人一前一后威胁唐军侧背，面对洛阳坚城久攻不下，而窦建德快速援助的危急情况，李世民召集众将商议对策。屈突通、萧瑀、封德彝等多数人认为：“我军疲惫不堪士气低落，王世充凭借坚城固守，不容易很快攻克，窦建德挟胜利之势而来，士气高涨锐不可挡，我军腹背受敌，不是好办法，不如撤退保守新安，以便等待时机。”但经过分析后，李世民最终采纳了宋州刺史郭孝恪、记室薛收的建议，决定扩大战役范围，采用围城打援的战法，命令屈突通随齐王李元吉继续围困洛阳，自己亲率精兵步骑进驻虎牢，同时，李世民还将自己的卫兵的一半兵力分给屈突通，用来保护李元吉。五月，李世民在虎牢之战中全歼窦建德援郑大军，唐军主力旋即回师洛阳，王世充见大势已去，被迫于五月初九率太子、群臣等两千余人投降，此战为唐朝最终统一全国取得了关键性的胜利，屈突通立下