客观上讲，魏学曾这位三边总督可算一位名臣，虽然位高权重，但从没干过以权谋私、贪赃枉法、党同伐异之类的事，他为人正直、做事勤勉，督军西北期间颇有功绩，德高望重、深得人心，历史上的他在宁夏之役后期被万历帝以“玩忽职守、应变不力”等罪名撤职查办，这显然是冤枉他了。万历帝之所以对魏学曾不满，是因为他急于求成、想要速战速决地结束宁夏之役——宁夏之役开战后两个月，明倭高丽战争爆发了，万历帝急着把明军精锐从西北战场调到高丽战场——但魏学曾却“拖拖拉拉”一直没能获胜，让万历帝对他逐渐失去耐心。然而，魏学曾这么“拖泥带水”并非他指挥能力不行或克敌意志不坚，而是因为他手上军力不足，叛军据城坚守，明军强攻难度太大，又要对付叛军外援，自然进展缓慢。魏学曾为能早日获胜，在强攻收效不大的情况下侧重于对叛军进行招降，结果被哱拜等贼首将计就计地施行缓兵之计，另外，魏学曾还针对宁夏镇东北处地势低洼制定了“挖开附近黄河堤坝水淹宁夏镇”的计划，可他又觉得这么做会殃及城中无辜百姓，所以举棋不定、犹豫不决，在他被撤职查办后，继任总指挥叶梦熊执行了魏学曾已经制定好的水淹作战计划，最终一举破城。魏学曾被捕时，朝中大臣数十人为他求情，宁夏边军将士也“号泣送之”，都说明他并不差。

对魏学曾这位兢兢业业的名臣，夏华自然愿意拉他一把，保住他的前途，这也是出于一种长远的考虑。魏学曾要是被撤职查办，接替他的叶梦熊会在宁夏之役后自然而然地总制陕西三边军务，这会导致高级文将们的战后封赏难以落实，如果叶梦熊被迫前去南京半退休，怎么办？有魏学曾在，就能为叶梦熊吸引不少火力，以退为进，还能团结陕西官场上很多人。

夏华虽然不在魏学曾身边，但他可以通过杨文“循循善诱地引导”魏学曾采用更好的作战方针平定这场叛乱。

毫无疑问，魏学曾在这场紧急召开的战前军事会议上把杨文的“献策”完全听了进去，他随即展开紧锣密鼓的周密部署，先急调周边能抽调的边军部队赶来参战、助战，又借茶马官银补充军饷鼓舞士气，然后飞马传令给各边军城堡，要求他们稳定军心、加强防备，同时派遣军队加强边境各隘口的把守阻断塞外蒙古人与叛军联合，最精锐的杨家军被派往最至关重要的石嘴山驰援平虏城萧如薰部，这一切布置得当后，他又兵分三路，一路由副总兵李昫率领赶赴灵州，一路由游击赵武率领赶赴鸣沙州，沿河道部署重兵以防叛军渡过黄河，而他本人则亲自率领一路兵马驻扎在军事要地花马池作为策应，三地构成犄角之势，从而将叛军堵在河西保障西北内地的安全。

这一系列有的放矢的措施取得了立竿见影的效果，局势开始被稳定住，叛乱没有扩大——哱拜等贼首确实也无意进击攻略西北内地的意图——接下来，魏学曾开始指挥明军展开反击，集中兵力挨个挨个地收复河西四十七堡已沦陷的军镇城堡。果然，叛军攻占这些军镇城堡只为了掠夺钱粮物资人口，无意扩大地盘并跟明军进行“寸土不让”的交战，所以面对明军的反扑，叛军虽然节节抵抗但并不死战，使得反攻的明军尽管战斗力不强，但还是攻势顺利、接连取胜，已沦陷的军镇城堡不断被收复，罪首被处死，从众者被安抚并被重新编入明军对叛军作战，叛军的控制区越来越小，战线逐渐地缩回宁夏镇。

从表面上看，叛乱被平定已指日可待，但双方高层都心知肚明，真正的大战还没开始，叛军的实力并未受到真正的打击，外援也即将抵达，这就使得哱拜等贼首并不慌张。在接到魏学曾的劝降文书后，哱拜态度强硬地提出诸多狮子大开口的条件，要求朝廷免除他们兵变作乱的罪名并授予官职，允许他们以后世袭罔替地永久占据宁夏地区等等。

三月时，朝廷的命令和万历帝的圣旨及尚方剑被送到了西北，明政府向魏学曾下令“擒元凶，赦余党，听便宜处置，务昭朝廷恩威，毋得延误军机”，手持尚方剑的魏学曾享有“斩临阵不用命者以肃军法”的特权；明政府同时悬以重赏“擒献哱拜者，与世封，斩哱承恩者，许以侯伯延世”“擒献哱拜、哱承恩父子者，赏银二万两，封龙虎将军，擒献刘东旸、许朝、土文秀者，赏银一万两，封都指挥使”。

与此同时，明军的后援也不断抵达宁夏前线。甘肃巡抚叶梦熊被调到西北担任此战的副总指挥，陕西副使朱正色被提升为新任宁夏巡抚，洮岷副总兵董一奎被晋为新任宁夏总兵，坚守住平虏城、取得平虏城大捷这场明军在宁夏之役中首场大胜的平虏城参将萧如薰被破格提拔为宁夏副总兵，大